首相狙撃事件を契機に政府は非常事態宣言を発令。それに伴い、特自の警備体制の強化と臨時の安全保安部の設立が決定され、広川が安全保安部の長官に就任する。そして西田も豪和本社にこもり、寝食も取らずに情報の分析に当たる。一方、安宅や鏑木と合流したユウシロウは、ミハルがシンボルのパイロットであり、米軍に連れ去られてしまったことを話す。鏑木と安宅はミハルの奪還に協力することを決め、村井に頼んで首相狙撃犯がミハルのいる横田基地に潜伏しているという偽情報を流させる。その頃、ファントムから指示を受けたメスは、輸送機に積み込まれているＭＦのプロトタイプ機と回収したミハルを、シンボルジャパンのメインコテージに送り届けるべく手配をしていた。そこへユウシロウたちのトランスポーターが横田基地へ突入。ユウシロウは震電で出撃すると、単身ミハルの元へと走る。だが、米軍のＦ−２２戦闘機が離陸して、ユウシロウが乗る震電を攻撃。機関砲弾が被弾し、ユウシロウ機は大きなダメージを負う。だが、追いつめられたユウシロウはここで超人的な戦闘能力を発揮。激戦の末に戦闘機を撃墜するが、その間にミハルはヘリで連れ去られ、ミハル奪還は失敗に終わる。

ユウシロウは医務室へと運び込まれるが、そっと抜け出して一清の元へと向かう。野望のためなら人の悲しみなど意に介さない一清に、ユウシロウは強く反発。そんなユウシロウに一清は、４１時間以内に米軍の攻撃が開始されるであろうと告げる。一方、西田はシンボルのＣＥＯファントムとの会談に臨む。西田は食糧という最終手段に訴えてきた米国のやり口を強く批判。その報復措置として、日本の金融資産20兆ドルを使って米国経済を破綻に追い込もうと準備していた。しかしそれは、日本経済をも破綻に追い込む諸刃の剣。そう指摘するファントムに、西田は日本を貧しくし、発展の幻想を取り去ることが真の目的であることを明らかにする。ファントムは西田の理想を美しいと評しつつも、両者は相容れることなく会談は終了する。一方、横田基地襲撃の責任に関して、安宅と鏑木、速川隊長は自分こそが責任を引き受けようとする。だが、米軍ＭＦ部隊による攻撃が差し迫ったいま、ＴＡ中隊を失うわけにはいかない。広川は自分の責任において横田基地襲撃を不問とし、ＴＡ中隊を保安局の直接指揮下に入れた。そしてユウシロウもＴＡ中隊に復帰する。その頃豪和総研では、ユウシロウがいないにも関わらず骨嵬とＴＡに機能相転移が発生。驚いた清継が骨嵬の様子を見に行くと、そこには美鈴の姿があった。

米国は日本が経済攻撃をはじめる前に、中枢への軍事攻撃を行うことを決断する。だがそれには、日本の中枢部がどこにあるかを突き止めなければならない。そのためにＭＦを市ヶ谷駐屯地に突入させて反応を見ることにするが、その裏にはミハルとユウシロウを接触させようとするファントムの思惑があった。ミハルに親心を抱くメスはファントムの指示に躊躇するが、ファントムは研究主任のギュンターを送り込み、計画を遂行させる。やがて、市ヶ谷駐屯地にミハルを乗せたＭＦが侵入。守備隊からの激しい銃撃を受けてミハルの心拍数は上昇し、やがて上空に特異点が発生する。警戒任務に当たっていたユウシロウは、なにが起きようとしているのかを察してミハルの元へ急行。心を閉ざし、戦う存在としての運命に身を任せようとしていたミハルは、ユウシロウの呼びかけで心を取り戻す。ミハルが心を取り戻したことで特異点は消失。降臨しようとしていた餓沙羅は、白い塊を残して去っていった。戦闘は収束したものの、ミハルはすぐにユウシロウの元へは戻ろうとはせず、まだ自分にはやらなければならない事があると告げる。ミハルは必ず帰ってくることをユウシロウに約束して、シンボルの元へと帰還する。

日本の中枢となった豪和本社ビルを制圧するべく、ついに米軍はＭＦ部隊を送り込む。そこに立ち塞がるのはユウシロウたちＴＡ中隊。豪和ビルの内部という限定された空間で、両者一歩も引くことのない激戦が展開される。電磁レールガンを装備した米軍のＭＦにＴＡ中隊は苦戦し、ユウシロウ機も脚部を損傷。さらに指揮車両とのデータリンクも絶たれ、さらに安宅機も被弾する。窮地に追い込まれるＴＡ中隊だが、そのときユウシロウがメンタルバーストを発生。ユウシロウ機の人工筋肉が敵ＭＦの人工筋肉を取り込み、敵ＭＦは沈黙する。結局この戦闘はＴＡ中隊の勝利に終わり、米軍の攻撃計画は失敗。米国大統領は全面攻撃を主張する閣僚たちを抑え、穀物モラトリアムの即時停止を決断する。覇権主義を捨てた米国の決断に呼応し、西田も経済攻撃計画を停止。大統領からのホットラインを受けた西田は「この戦いに勝者も敗者もない」と伝え、両者は互いに理解を示して和解する。だが、戦いは始めるよりも終わらせることの方がはるかに難しい。西田は自らの命と引き替えに今回の事態を収拾しようと決意し、自害して果てる。一方、ミハルはシンボルから去るという決断をメスに伝え、メスは一抹のさびしさを感じながらもミハルを送り出す。