豪和総研内でユウシロウと対面したミハルは、豪和憂四郎が８年前に死亡していることを伝えた。そして人工筋肉の奪回を成功させると、侵入チームと共にいずこかへ潜伏してしまう。豪和は警察を動かして市内全域に検問を張るが、シンボルの放ったデコイに惑わされて逃亡を許してしまうのだった。一方、自分の出生に疑問を抱いたユウシロウは、母に面会して真実を問いただす。そして空知検校がすべての秘密を知っていることを聞き出すと、ひとり空知のいる鬼哭石（きなし）へと向かう。そこへ入れ違いになった安宅が豪和の屋敷に到着。美鈴からユウシロウが鬼哭石へ向ったことを教えられ、美鈴と共に鬼哭石に向かう。その頃、鬼哭石に到着したユウシロウは、空知の案内で「蔵」の地下に作られた謎の施設を訪れていた。そこでユウシロウは、８年前に死亡した豪和憂四郎や、空知の息子・空也などの遺体が収められたポッドを発見。それらの遺体はすべて「ガサラキを呼ぶ者、鬼寄の末裔」であると空知は説明する。さらに施設の奥へ進むと、そこには巨大な鎧人形「骨嵬（くがい）」が安置されていた。そこへ、ユウシロウを追う安宅と美鈴が鬼哭石の石舞台へと到着。２人は豪和のオリジナルを狙って鬼哭石へと来ていたミハルたちのＭＦと遭遇する。

鬼哭石に現れたミハルともう一機のＭＦは、安宅たちを気にもとめず、石舞台と蔵内部の調査に取りかかる。僚機が石舞台を調査する傍ら、ミハルのＭＦはユウシロウと空知のいる「蔵」に侵入。蔵の内でユウシロウの姿を認めたミハルは、ユウシロウを捕獲しようとする。すると突然、ユウシロウは何かに取り憑かれたように「餓沙羅の舞い」を始め、骨嵬の中に取り込まれてしまう。長年の時を越え活動を開始する骨嵬「朱天」。朱天を見たミハルの脳裏に恐怖の記憶がよみがえり、恐慌状態となって蔵の外へ逃げようとする。だが、朱天の恐るべきパワーの前にミハルのＭＦはコクピットから引きずり出され、助けに駆けつけたもう１機のＭＦも大破。シンボルは２機のＭＦを自爆させて引き上げる。戦いが終わり朱天から抜け出したユウシロウは、ミハルと共に空知の家にかくまわれる。骨嵬のことを尋ねるユウシロウに空知は「骨嵬はガサラの神事によって生まれ、嵬に操られる」と答え、すべての真実を知るならミハルと共に京都へ向かうよう助言する。その頃、北海道の演習場では新型ＴＡ震電の３６時間連続搭乗実験が行われていた。だが、実験開始からしばらくして、実験に参加したパイロットたちに異変が発生する。

京都へと向かうユウシロウとミハルは、以前にも同じ路を通ったことがあると知っていた。だが、なぜそれを知っているのかは、彼ら自身にもわからない。道すがら自分たちのことを語り合った２人は、お互いが実験動物扱いされていたことを知り共感を覚える。その頃、北海道で行われた新型ＴＡの実験は、ＴＡの暴走という最悪の方向へと事態が進んでいた。広川中佐は暴走ＴＡの捕獲とパイロットの谷口少佐の救出をＴＡ中隊に要請し、中隊は北海道へと飛ぶ。高山と北沢は新型ＴＡに乗り込み、暴走機の追跡を開始。挟撃して谷口機を止めようとするが、谷口機の予想を超えた動きに両名は窮地に陥る。そこで明かされる、テストパイロットたちの秘密。それは、彼らがＴＡに適応するために生理的に強化されたパイロットであるという事実だった。事の真相を知った速川隊長は、「こんなことで部下を死なせるわけにはいかない」と判断し、緊急燃料を使って谷口少佐が乗った暴走ＴＡを凍結させる。一方、ユウシロウを追う安宅と美鈴は、京都へ向かう山道でユウシロウたちと合流。だが、ユウシロウを捜索する特自のヘリコプターに見つかってしまい、特殊部隊に行く手を阻まれる。

いちどは沈黙した谷口機が再び暴走を開始。谷口機は高山機と北沢機を大破させたものの完全には破壊しようとせず、そのかわり北沢機の頭部を高々と掲げるという不可解な行動をとる。一方、特殊部隊に捕まったユウシロウたちは、特自のヘリで豪和市へと移送される。ミハルの身柄は清継に預けられ、彼の研究に協力させられる。ユウシロウは北海道で起きたＴＡ暴走事件のことを知らされ、谷口機の捕獲命令を言い渡される。谷口機は演習場から出ようとしており、もしユウシロウが命令を拒めば砲撃によりパイロットごと処分されることになる。ユウシロウは自分と似た境遇の谷口に共感を覚え、彼を救うべく北海道へと飛ぶ。演習場に到着したユウシロウは、震電に乗り込み谷口機に接触。だが、人工筋肉から抽出され、合成された「グロブリン」により戦闘能力を向上させられた谷口は、すでに正気を失っている状態だった。谷口機の狂ったような攻撃に、ユウシロウ機は大きなダメージを受ける。谷口機はついに最終ラインを越え、特科が砲撃を開始。ユウシロウ機は谷口機に飛びかかるとインパクトで穴を掘り、間一髪のタイミングで砲撃から救う。震電から降りたユウシロウは、谷口がうわごとのように「今が閾に至らずんば、七支の剣の疵となるべし」とつぶやいているのを聞いて絶叫する。