ＴＡとＭＦ、二足歩行型兵器同士による初の実戦が展開される。ユウシロウはスズランをあしらったＭＦにミハルの存在を感じ取り、ミハルもまたユウシロウのＴＡに向かって行く。しかし、砂漠の嵐に巻き上げられた砂が駆動部分に侵入したため、ＴＡ、ＭＦ共に動作不良に陥り戦闘は中断。両者の直接対決は痛み分けに終わる。戦闘を終えたユウシロウは、突然行った舞いについて部隊の仲間から説明を求められる。だがユウシロウはその理由を明らかにすることなく、ひたすらミハルに想いを巡らせる。一夜明けて、部隊に新たな任務が下った。ＭＦを少なくとも一機、操縦者ごと捕獲せよとの命令だ。軍事衛星のデ―タを元に、敵が潜んでいると思われるポイントへ向かう一同。しかしそれはベギルスタン側の巧妙な罠で、隙を突かれたユウシロウたちは奇襲攻撃を受けてしまう。即席で砂漠仕様の処置を施された両者は激しく戦闘を展開し、ＴＡ中隊はどうにかメタル・フェイクの一部をもぎ取った。この戦闘の模様はNATOの攻撃機によって世界中に報道され、二足歩行兵器の存在が全世界に明らかとなる。世間が新型兵器の登場で騒ぐ中、シンボルは利用価値のなくなったベギルスタンを見捨て、多国籍軍はベギルスタンの首都に全面攻勢をかける。

ベギルスタンから自分たちの痕跡を消すため、シンボルはクーデーター勢力をバックアップして大統領を暗殺する。クデーター勢力と国連軍の間に休戦が成立し事態が収束に向う中、アメリカが査察にかこつけてＴＡのデータを入手しようとしていることを豪和は察知する。特務自衛隊の撤収が急がれる中、ユウシロウは偶然目にした「アクラの石窟教会」のテレビ中継でミハルの姿を見つける。彼女に会うため、単身「アクラの石窟教会」へと向かうユウシロウだが、反クーデーター勢力に狙われる可能性も高い。そこでＴＡ中隊の仲間はは帰国準備を中断し、ユウシロウを連れ戻しに向かう。その頃、石窟教会でミハルと接触したユウシロウは、石舞台で精神接触したときにミハルが発した警告の意味を問い正していた。だが、現地のゲリラに偽装したシンボルの兵士がやって来て、２人は取り囲まれてしまう。シンボルはミハルを自由に行動させてユウシロウを誘い出し、捕らえようとしていたのだ。間一髪で鏑木たちが駆けつけ２人はその場を脱出するが、逃走車両が足止めを食らってしまったため再び２人だけで逃亡。シンボルの兵士に行く手を阻まれるが、タイミングよく現れた高級車に助けられる。

ユウシロウとミハルを救った高級車の男は、２人を安全な場所にかくまい特自部隊に連絡する。２人は知らなかったが、彼こそシンボルの最高責任者「ファントム」だった。ユウシロウはミハルに彼女が言う「恐怖」とはなにかを尋ねるが、ミハルは曖昧にしか答えない。やがてＴＡ中隊の仲間がユウシロウを迎えにやって来るが、ミハルはユウシロウと行動を共にせず、「いずれまた会える」と言ってその場に残る。ユウシロウが帰還し帰国準備の整ったＴＡ中隊は、直ちにベギルスタンを出国するべく輸送機へと乗り込む。しかし、シンボルの意向を受けた米軍中央司令部のウェイン大将が、輸送機の離陸中止を指示。清春はひとりベギルスタンに残る覚悟でウェインの説得に当たり、清継は輸送機を強行離陸させる。どうにかベギルスタン領空を出た輸送機は、こんどはアルメキスタン空軍を装った覆面戦闘機に遭遇。敵の狙いがＭＦから奪取した人工筋肉にあることを悟った清継は、ＴＡを使って反撃することを提案する。命令無視などで部隊の仲間から信頼を失いかけていたユウシロウは、ＴＡでの戦闘機撃墜作戦に立候補。飛行中の輸送機からワイヤー一本で吊されたＴＡを操り、空中で戦闘機を撃墜。仲間の信頼を回復する。

帰国したＴＡ中隊は、マスコミへの情報流出を防ぐため軟禁状態に置かれる。だが、民間人であるユウシロウだけは軟禁を解かれ、直ちに豪和総研へと移される。最初はおとなしく軟禁されていた安宅大尉だったが、ユウシロウが豪和では「被験者」と呼ばれていたことを知り、単独で彼の後を追う。一方、一清の動きに不穏なものを感じた乃三郎は、ＴＡ開発や海外派遣の真の目的を一清に問う。傀儡子への野心をいさめる乃三郎に対し、一清は「自らを灼く火こそ、この世の本質」と言ってその場を去る。続いて一清は、広川の仲介で国学者の「西田啓」と会見する。西田は醜く堕落した日本人を見るに耐えず愛刀で自らの目を潰した人物で、軍事独裁を前提とした国家再生論の提唱者でもあった。日本刀のように研ぎ直せば日本は美しく再生すると主張する西田に、一清は「日本刀は結局人殺しの道具でしかない」と言い放つ。だが西田は、かつて日本人が刀剣に破邪の思いを込めていたことを説き、ガサラキのことにも言及する。豪和一族しか知らないはずのガサラキを西田が知っていたことに一清は衝撃を受ける。一方、シンボルは豪和に奪取されたＭＦの人工筋肉を取り戻すため、ミハルを含むＭＦ部隊に豪和総研を奇襲させる。総研への侵入を果たしたミハルはユウシロウのデータを検索し、豪和憂四郎という人物が８年前に死亡していたことを知る。